По мере подготовки и проведения «рейса» создаётся сложная картина взаимоотношений и противостояний. Наяна и Бочаров сталкиваются с внутренними и внешними трудностями, связанными с техническими ограничениями «Тоннеля» и необходимостью придерживаться негласного правила не вмешиваться в ход прошлых событий. Помимо технологических проблем, растёт напряжение из-за противодействия сил, заинтересованных в закрытии дела. В прошлом выясняются подробности, связанные с жизнью убитой женщины, её борьбой с мошенниками и предпосылками трагических событий, включая заведомо сфальсифицированные версии преступления.

Возникает дилемма между стремлением к установлению истины и ограничениями, вытекающими из правил путешествия во времени и сложной политической обстановки. Решения, которые принимают герои, влияют не только на итоговое понимание истории, но и на их собственное положение в будущем. Развитие событий заставляет пересмотреть ожидания относительно возможности раскрытия правды и отражает конфликт между прошлым и настоящим, а также между личными мотивами и системными интересами.

В центре повествования остаётся задача переосмысления давно закрытого дела, протекающая через призму современных технологических возможностей и социальных обстоятельств. Главные фигуры оказываются вовлечены в процесс, где пересекаются истории прошлого и настоящего, и где стоит вопрос о том, можно ли понять и исправить ошибочное восприятие событий, когда время уже не на стороне правды. Внимание к деталям, ограничения и попытки воздействия формируют основной конфликт, вокруг которого выстроен сюжет Посох двуликого Януса Александры Марининой.