Развитие сюжета начинается с попыток главного героя оправдать свою лояльность и объяснить назначенную задачу — создание агентурной сети вдоль Транссибирской магистрали. Ему предложено пройти подготовку в диверсионной школе, а затем внедриться в глубь тыла противника. Однако процесс подготовки и первые шаги операции осложняются недоверием со стороны начальства и сослуживцев, а также внутренним конфликтом героя, который борется с опасениями и чувством страха перед предстоящими испытаниями. Эта психологическая напряжённость накладывается на внешние угрозы и неопределённость миссии.

Одновременно поднимается тема сложных взаимоотношений в разведывательном отделе, новому руководителю которого приходится учитывать особенности каждого агента, включая недостатки и сильные стороны Скори­на — бывшего летчика и основного действующего лица. Его интеллектуальные способности и умение вести себя на территории противника противопоставляются недостатку игрового опыта и эмоциональным барьерам, которые возрастая, создают препятствия на пути успеха операции. Подготовка и начало выполнения задания сопровождаются попытками понимающих его людей помочь и настроить на положительный лад, однако оставляет у героя внутреннее напряжение.

Промежуточным конфликтом служит ситуация доверия, не только между персонажами, но и внутри самого главного героя, который вынужден отвечать за свою правдивость и лояльность, в то время как окружающие сомневаются в его прошлом, включая службу на стороне противника. Этим ставится вопрос об истинной цене предательства и верности, а также о том, как отчётливо можно различить друзей и врагов в условиях войны и шпионажа. В таких условиях герой вынужден принимать решения, которые касаются не только его судьбы, но и эффективности всей сети агентов.

В результате развития основной сюжетной линии особенно выделяется дилемма сохранения жизнеспособности агентурной работы в условиях двойной опасности — внешней угрозы и внутреннего недоверия. Главным вопросом становится способность героя выдержать психологическое давление, выполнить задание и при этом сохранить свою идентичность. История отражает процесс взаимодействия разведчика с комиссарами, подчиненными и противниками, предлагая взгляд на сложность подобных операций и на трудности работы в условиях критического времени и неопределённости.

Так структурируется повествование в Варианте «Омега» (= Операция «Викинг») Николая Ивановича Леонова, Юрия Васильевича Костров, где особое внимание уделяется не только шпионским действиям, но и внутреннему миру героя, его борьбе за доверие и возможность влиять на ход событий в сложных условиях военного времени.