Сюжет развивается через совокупность ежедневных испытаний: учебные задания, ссоры и разговоры с братом, скрытые тайны о происхождении, непростые межличностные отношения и необходимость подчиняться ужесточённым правилам. Главные препятствия связаны с невозможностью полностью контролировать обстоятельства и риском потерять место в академии в случае неудачи на экзаменах. Пепел пытается разобраться в сложившихся обстоятельствах, связывая все данные воедино и строя в голове сложные схемы происходящего, чтобы найти выход из ситуации. При этом основные решения он принимает под давлением обстоятельств и необходимости найти опору в тех, кто может помочь оценить происходящее с другого ракурса.

В результате развития событий ключевой вопрос концентрируется на том, как сохранить положение в академии и выдержать напряжение, которое создаёт не только официальная система оценок и наказаний, но и скрытые внутрисемейные и социальные конфликты. Пепел оказывается перед необходимостью принимать решения, совмещая учебную дисциплину, семейные отношения и политические нюансы относительно происхождения и статусов, которые прямо влияют на его будущее. Этот комплекс тем и задач становится центральным для понимания положения героя и того, к каким последствиям может привести борьба за сохранение собственного места в жёстких условиях военной академии. В пепел. Академия написана Юлией Одой и исследует эти переплёты в достаточно сдержанном и реалистичном ключе, без излишних украшений и упрощений.