Параллельно герою приходится работать с архивами, докладами и показаниями арестованных, среди которых оказываются люди с различными биографиями, в том числе и те, кто прошел через обучение в условиях военных действий и был задействован в специальных операциях. Некоторые из них оказываются вовлечены в конфликты и попытки скрытой работы, что приводит к усложнению общей картины. Им приходится учитывать и психологические особенности таких фигур — это не просто преступники, а зачастую люди, ставшие жертвами обстоятельств или ведущие двойную игру.

Возникает необходимость не только вычислять и арестовывать отдельных участников подполья, но и понимать, какие социальные и организационные изменения происходят в их среде. Проблемы связаны также с властными структурами, где существуют неформальные связи между преступным миром и правоохранительными органами. Это вызов для главного героя, поскольку он должен избегать распространения информации вне узкого круга, работать с осторожностью и тщательно собирать доказательства, чтобы не дать скрытым силам взять верх.

Сложность расследования дополнительно возрастает из-за того, что некоторые подозреваемые были ранее арестованы, но впоследствии освобождены, а следы их деятельности расплывчаты и запутаны. Главный герой идет на риск и действует в условиях ограниченного времени, используя старые связи и знания, чтобы нащупать уязвимые места преступных группировок. Эти действия приводят к последовательным операциям, в ходе которых выясняются причины конфликтов, характеры участников и способы их влияния на городскую жизнь.

Результатом развития событий становится углубленное понимание того, как организован и действует криминальный мир послевоенного СССР, а также определение приоритетных направлений работы органов безопасности. Центральной для сюжета остается дилемма эффективного противодействия подполью в условиях, когда многое скрыто за масками легальной деятельности и при этом требуют точных и выверенных решений, чтобы не навредить сложной социальной структуре и не создать новые опасности. В книге, написанной Петром Алмазным и Всеволодом Советским, это напряженное противостояние раскрывается на примере реальных ситуаций и профессиональных трудностей, связанных с ликвидацией угроз в 1946 году. Ликвидация 1946. Том 2 предлагает подробное изображение этой работы и её человеческих аспектов.