Обстановка осложняется тем, что среди оперативников растет недоверие, и даже наиболее спокойные и надежные сотрудники оказываются потенциальными предателями. Герою приходится взвешивать каждое решение и использовать нестандартные методы для слежки и сбора информации, не допуская открытых конфликтов и сохраняя маскировку. В ходе работы становится ясно, что раскрытие сети вредителей требует тщательной проверки всех без исключения, в том числе и научного круга, который ранее не вызывал подозрений. При этом непростая внутренняя борьба влияет на способность быстро реагировать, поскольку каждый шаг контролируется и рискован.

В решении этих задач главному герою помогает небольшой круг офицеров, которых он тщательно отбирает и обучает для скрытного наблюдения. Они вынуждены усваивать новые требования к службе, в том числе способность оставаться незаметными, одновременно замечая малейшие детали и улавливая намеки на измену. Эти условия создают атмосферу постоянной напряженности и интеллекутальной напряженности, где обычные военные навыки комбинируются с глубоким анализом человеческих поступков и намерений.

Развитие событий приводит к потере некоторых сотрудников вследствие насилия и предательства, что подтверждает теорию о существовании глубоко внедренных вредителей. По мере раскрытия ситуации выясняется, что борьба ведется не только с внешними врагами, но и с внутренними противоречиями, что ставит под сомнение понятия доверия и верности в коллективе. Итогом становится осознание необходимости комплексного и системного подхода к очистке объекта, при этом главный герой оказывается втянутым в борьбу, последствия которой влияют не только на безопасность базы, но и на личные грани лояльности и дисциплины.

Таким образом, Ликвидация 1946. Том 3 автора Петр Алмазный, Всеволод Советский раскрывает вопросы внутренней безопасности и контрразведки в условиях секретного объекта, где переплетаются тайны, подозрения и сложные взаимоотношения между людьми, ответствующими за сохранность важной государственной тайны.