События начинают развиваться после того, как Маркус получает задание разобраться в запутанной истории со смертью Космо Бардити, человека, с которым связаны опасные тайны и который, по словам близких, был убит из-за помощи, которую оказывал Маркусу. Маркус посещает дом Бардити, где встречается с его подругой и узнаёт, что за смертью стоит не самоубийство, а внешнее вмешательство. Это открытие запускает цепочку расследований, в ходе которых главный герой сталкивается с противодействием, неизвестными врагами и внутренними сомнениями. Ему приходится выяснять, кому можно доверять, а кому нет, особенно учитывая, что информация должна оставаться скрытой ради безопасности окружающих.

Усложнение ситуации проявляется и в том, что во время поисков правды появляются новые препятствия — попытки помешать раскрытию, подозрения, а также личные воспоминания и страхи Маркуса, которые мешают действовать быстро и решительно. Он вынужден скрывать знания, которые могут навредить невинным, и одновременно пытаться обезопасить себя и других. На фоне этого разворачиваются события, связанные с расследованием загадочных нападений, и появляется конфликт между необходимостью раскрыть истину и угрозой для жизней.

Выбор, который предстоит сделать Маркусу, связан с балансированием между выполнением своей миссии и сохранением безопасности близких людей, а также с внутренним пониманием природы зла, с которой он борется. Его дальнейшие действия оказываются ограничены рамками долга и секретности, а развития сюжета ведут к тому, что выясняется, насколько сложно и одиозно быть кем-то, кто распоряжается теневой стороной правосудия. Главная проблема остаётся в невозможности полностью открыться или рассказать обо всём, ведь это угрожает жизни не только самого героя, но и тех, кто связан с ним.

Так формируется основная дилемма, лежащая в основе книги Донато Карризи, Анастасия Юрьевна Миролюбова: необходимость бороться с абсолютным злом в условиях секретности и одиночества, сохраняя при этом человеческое лицо и разумную меру осторожности. Все события строятся вокруг этот задачи и отражают последствия выбора, сделанного главным героем в непростом мире, где граница между хорошим и плохим размыта и требует постоянного взвешивания решений. Это описание кратко воплощает сюжет книги Охотник за тенью.