Расследование Пелагии сопровождается поисками связей между современными происшествиями и давно забытыми преданиями. Однако её попытки получить помощь и поддержку сталкиваются с непониманием и скрытой оппозицией. С одной стороны, влияние церковных иерархов ограничивает ее возможности, с другой — располагаются люди, заинтересованные в том, чтобы остановить её поиски. При этом давление усиливается из-за необходимости вести ликвидацию преступной деятельности, связанной с загадочным персонажем, и попыток найти убийцу, что требует от Пелагии использовать не только духовные знания, но и более практические методы, обращаясь к специалистам в области криминалистики.

Внутренние противоречия между религиозными обязанностями, педагогической деятельностью и потребностью в расследовании создают кризисную ситуацию для главной героини. Ей приходится принимать решения, которые балансируют между официальными требованиями и собственным стремлением докопаться до истины. Переплетение различных факторов заставляет пересмотреть первоначальные ожидания и столкнуться с ограничениями, налагаемыми окружающей обстановкой и человеческими характерами.

Развитие событий приводит к тому, что Пелагия вынуждена сочетать роль хранительницы веры и морали с функцией следователя в сложном деле. Основная тема вращается вокруг поиска правды и справедливости в условиях, где традиция и инновации, вера и скептицизм, прошлое и настоящее находятся в постоянном напряжении. Сюжет не просто рассказывает о преступлении, а касается более широкой задачи — соотношения духовного и реального, необходимости сохранения внутренней целостности при внешних испытаниях. В этом заключается главная проблематика, которую предстоит решить героине в процессе своей деятельности.

Такой сюжет формирует основу повествования произведения «Пелагия и красный петух» Бориса Акунина, где сочетаются исторические детали, детективная интрига и размышления о месте человека в сложном мире, полном тайн и противоречий.