В небольшом уединённом монастырском городе разгорается необычное событие, нарушающее привычный ход местной жизни. Слухи о появлении загадочного призрака — Чёрного Монаха — всё громче, вызывая тревогу и споры среди обитателей и приезжих. Происходят странные и таинственные случаи, которые вызывают беспокойство не только у местных старцев и монахов, но и у светских чиновников. На фоне этих событий совершается непредвиденная смерть местного полицмейстера, обстоятельства которой кажутся загадочными и вызывают подозрения. В этом контексте начинает действовать сотрудник прокуратуры Матвей Бердичевский, оказавшийся в городе по официальному заданию. Впервые сталкиваясь с такими делами в провинциальных условиях, он вынужден самостоятельно осматривать место происшествия, тело и налаживать контакты с ключевыми фигурами монастыря и местных властей. Его профессиональные обязанности вынуждают оставить привычное дело и вступить в расследование, которое оказывается далеко не простым из-за многочисленных суеверий и мистических предпосылок. Кроме того, в город приезжает епископ Митрофаний, чьи взгляды на происходящее колеблются между здравым смыслом и верой. Он испытывает внутренний конфликт и пытается найти золотую середину, опираясь как на религиозные установки, так и на логику следствия. В центре противоречий оказывается монахиня Пелагия, чьи убеждения и жажда разобраться в явлениях создают напряжённые отношения с духовенством и светской властью. Ситуация осложняется необходимостью рассекретить непонятные мистические явления, в то время как официальное расследование требует оставаться в рамках закона и осторожно обходить религиозные запреты.

Сложности возникают также из-за нехватки специалистов и отсутствие привычных городских структур, что заставляет главных действующих лиц работать в необычных условиях и искать нестандартные решения. Бердичевскому приходится балансировать между требованием официального порядка и необходимостью понимать мистические аспекты, влияющие на происходящее, что создаёт внутренний и внешний конфликт, затрудняющий продвижение расследования. Взаимоотношения между светскими и духовными персонажами подчеркивают противоборство рационального и мистического взглядов на жизнь и смерть. Они ищут способ понять истинные причины смерти и определить, насколько сверхъестественные события влияют на местную реальность. Главной задачей оказывается не только выяснение обстоятельств гибели полицмейстера, но и попытка разрешить напряжённость, вызванную верой в призрака и наличие загадочных происшествий. Рассказ сосредоточен на столкновении разных мировосприятий, необходимости принимать трудные решения в условиях недостатка информации и ограничений, налагаемых традициями, законом и суевериями. Центральной остаётся дилемма, связанная с разграничением материального и мистического, с тем, как вписать непредсказуемое и необъяснимое в рамки официального расследования и человеческого понимания. В процессе развития сюжета представляются разные взгляды на события, что отражает сложность происходящего и невозможность быстрого и однозначного решения. Окончательное положение героев складывается из попыток находить компромиссы между обязанностями, верой и личным восприятием окружающего мира. Описываемая книга Борисом Акуниным концентрируется на сочетании криминального расследования с мистическими элементами, что создаёт необычное напряжение между жанровыми особенностями.