Запуском сюжета становится появление рассказывании о котёнке, оставленном у квартиры Льва в полнолуние, что, по версии майора, оказалось искусственно организованной провокацией с целью спровоцировать жертву на разрушения и особое поведение. Это обстоятельство добавляет сложности в расследование и требует от Степана внимательного подхода к действиям подозреваемых и свидетелей. Поведение соседей, их версии событий и сам факт использования животного для манипуляции заставляют героя вести не только формальное расследование, но и разбираться в вопросах моральной ответственности и человеческих связей в этом месте.

В процессе расследования главному герою приходится сталкиваться с разнообразными препятствиями: от непонимания и отказа коллег заниматься делом до запутанных свидетельств и даже внутренних сомнений о собственных методах. Степан принимает решения, которые требуют не только профессиональных знаний, но и способности учитывать необычные обстоятельства, связанные с общественной обстановкой, мистическими фактами и социальной динамикой района. Он осознает различия между привычными представлениями о работе и реальной сложностью жизни в этом доме, где обычные нормы нарушаются постоянно.

Развитие конфликта приводит к пониманию, что основная задача в расследовании — не только найти виновных и объяснить произошедшее, но и разобраться с глубокими причинами, которые провоцируют конфликтные ситуации, вызывают недоверие и мешают работе правоохранительных органов. Майору предстоит сделать выбор между стандартным исполнением обязанностей и необходимостью иного понимания сложившихся взаимоотношений и особенностей среды. В итоге сюжет сосредотачивается на дилемме между формальной справедливостью и пониманием уникального контекста жизни в доме на Туманной.

Книга Девяносто девять бед и майор для круглого счета автора Светлана Нарватова поднимает вопросы взаимодействия власти и общества, описывает сложную задачу правоохранителя в условиях, где привычные процедуры не всегда действуют, и где требуется учитывать как реальные факты, так и неочевидные мотивации окружающих.