Обстановка осложняется внутренними неприятностями в преступной среде, где доверие и преданность проверяются на прочность. Необходимость соединить усилия с молодыми и опытными соратниками заставляет героя переосмыслить своё положение и принимать решения, связанные с риском и тактическими манёврами. Одновременно следователи пытаются перекрыть ключевые каналы незаконного бизнеса, что создаёт дополнительное давление. В центре этих процессов — конфликт между обязательствами перед «семьёй» и желанием сохранить не только жизнь, но и человеческое достоинство в условиях постоянной угрозы.

Реализация задуманного требует от героя не только хитрости и знаний криминального мира, но и соблюдения необходимых мер конспирации, включая создание алиби и своевременное взаимодействие с окружающими. Проблемы возрастают из-за вмешательства покровителей, партийных интересов и необходимости политически выверенных решений, что усложняет даже самые простые действия. Главный герой вынужден балансировать между прошлым и настоящим, выбирая, когда действовать прямо, а когда — обходить препятствия и уходить от прямого столкновения.

В ходе развития событий становится ясно, что противостояние выходит далеко за рамки личной жизни Гончарова и касается более масштабных вопросов власти и контроля над криминальным бизнесом. Препятствия на пути решения включают не только угрозы задержания, но и борьбу с предателями, внутренние разногласия, а также непредсказуемые реакции правоохранителей. Для сохранения позиций и достижения целей герой и его окружение вынуждены идти на компромиссы и жертвы.

Главная задача, стоящая перед персонажами, связана с поиском баланса между жёсткостью и осторожностью, между силой и необходимостью избегать открытых конфликтов. Нарушение привычного порядка событий заставляет Гончарова и его сообщников проявлять изобретательность в выполнении операций и в поиске способов сохранить влияние в меняющихся условиях. В итоге сюжет концентрируется на дилемме выбора между выживанием в криминальном мире и сохранением контроля над ним, что остаётся централизованной проблемой всего повествования. Владимир Кузьмич Шитов создаёт повествование, в котором отражены особенности жизни преступного мира и сложности, связанные с ним, сквозь призму напряжённой и многослойной истории. Собор без крестов служит примером такого рассказа, обрисовывающего характерные для этой среды вызовы и противоречия.