Развитие сюжета начинается с попыток установить виновных в утечке и похищении, что приводит к выводу о причастности специального батальона «Щит». Одновременно возникает возможность добраться до верхушки преступного мира — так называемого «Купола». Главный персонаж приобретает новые данные, которые способны изменить расстановку сил, но сопровождаются высоким риском и необходимостью тщательно выбирать действия, избегая преждевременного раскрытия. При этом внутренние распри и давление со стороны высшего руководства, а также противодействие криминальных элементов делают продвижение дела особенно трудным.

Персонажу приходится принимать решения, балансируя между выполнением поручений и сохранением собственной безопасности, а также контролировать процесс, чтобы не стать пешкой и не потерять доверие тех, кто рассчитывает на его успех. Взаимоотношения с коллегами и руководством усложняются, когда они предлагают прекратить активные действия, опасаясь чрезмерного риска, что заставляет героя проявить волю и самостоятельность. Сложности доводятся до предела, включая неожиданные контакты и звонки, которые заставляют задуматься о масштабах пролитого противостояния.

Основное развитие конфликта связано с поиском истины о «Чистилище», выявлением истинных предателей и борьбой с командой «Щит», а также решением, оставаться ли в тени или выйти на открытые действия. Итогом становится смена позиционирования главного героя от пассивного участника к активному игроку с реальным шансом изменить ситуацию в борьбе с криминалом и мафией. Главная задача, стоящая перед ним, заключается в выборе между безопасностью и эффективной борьбой, а центральной темой остаются вопросы доверия, информации и ответственности за последствия сделанного выбора.

Таковы основные линии повествования в книге Смерш-2, написанной Василием Головачёвым, где изложены события, осложнённые внутренними и внешними факторами, и показаны сложные решения, направленные на преодоление кризиса в системе безопасности.