Параллельно с этим разворачивается история бывших сотрудников института, которые покинули свою работу и оказались втянутыми в иракский проект по разработке ядерного оружия под названием «Гнев аллаха». Один из таких специалистов, Николай Соколов, экстренно вывезен в Ирак и привлекается к работе над опасной программой. Эти факты создают дополнительное давление на Верлинова, смены в кадровом составе и постоянные утечки информации вынуждают его принимать решительные меры. В том числе перед ним ставится задача найти пропавших бывших сотрудников, что осложняется недостатком информации и необходимостью действовать в условиях недоверия и интриг.

Усложнение ситуации происходит из-за противоборства различных интересов внутри и вне страны, кадровой нестабильности, а также появления «козлов отпущения», на которых пытаются повесить вину за неудачи и преступления. Верлинов вынужден принимать непростые решения относительно кадров, распределения ресурсов и направлений работы службы безопасности. Помимо этого, ему приходится учитывать внутренние противоречия личного состава и внешние угрозы от разведок, которые активно пытаются проникнуть на стратегический объект.

В процессе реализации мер по укреплению безопасности и расследованию исчезновений, Верлинов сталкивается с необходимостью балансировать между жесткостью и доверием, а также оценивать риски, связанные с раскрытием информации и возможной утечкой данных. Эти обстоятельства привели к серьёзным изменениям в управлении объектом, и стали предметом обсуждения на уровне руководства. Итогом событий становится переосмысление методов работы контрразведки на особо важных научных объектах и осознание сложности борьбы с враждебными разведслужбами в условиях внутренней нестабильности.

Так складывается сюжетная линия книги, сосредоточенной на раскрытии угроз национальной безопасности и борьбе с проникновением иностранного влияния в критически важные научные структуры. В центре истории — тяжелая задача восстановления контроля над уязвимым учреждением и предотвращения реализации опасных проектов за пределами страны. Эта дилемма, требующая сочетания профессионализма, внимательности и решительности, остается ключевой для понимания общего хода развития истории. Такое содержание в изложении отражает ход событий и характерные особенности сюжета произведения Данила Корецкого с названием Основная операция.