Начало развития сюжета связано с обнаружением таинственного ящика в Чертовой башне, который содержит документы и карты, намекающие на устройство пространства, похожее на гиперболоид с возможностью перемещения между «складками» вселенной. Это открытие приводит к совместным попыткам героя и его товарищей разобраться, как научиться переходить и возвращаться в разные измерения, чтобы вытащить пропавших. На этом пути возникает необходимость построить специализированный закрытый объект для экспериментов — «Крепость» — на заброшенной стройке возле Русалочьего озера, что является одним из ключевых проектов для продвижения начатого дела и сохранения его в тайне.

Сложности в развитии сюжета создают не только технические и научные препятствия, но и человеческие факторы — страх перед непонятным, секретность, ограниченные ресурсы и необходимость скрывать истинные цели от посторонних. Внутренние проблемы включают трудности в коммуникации с призрачными проявлениями пропавших девочек и сомнения в успешности попыток вернуться в прежнюю реальность. Кроме того, усиливается давление со стороны внешних структур и людей, заинтересованных в контроле над ситуацией, что требует от главного героя прагматичных решений и координации усилий с доверенными лицами.

Герою приходится организовывать не только расследование, но и строительство научной базы, планировать взаимодействие с архитекторами и финансистами, а также заботиться о безопасности сотрудников и участников проекта. Эти меры направлены на расширение возможностей по изучению явлений, связанных с перемещениями между складками мира, и поиск способов вернуть исчезнувших обратно. Все действия сопровождаются постоянным балансированием между рисками обнародования секретов и необходимостью использовать имеющиеся ресурсы для достижения целей.

В конечном счёте развитие конфликта сосредоточено на дилемме сохранения единства команды, успешном освоении новой технологии перемещений и предотвращении полной потери тех, кто ушёл в другие измерения. Главная тема книги — попытка понять и контролировать сложные механизмы пространства и времени с целью возвращения потерянных людей и восстановления привычного хода событий. Этот процесс требует от участников готовности к жертвам и умения действовать в условиях неопределённости и ограниченного понимания происходящего. «Физрук-9: назад в СССР» автора Валерий Гуров показывает, как на фоне невидимых миров разворачиваются реальные проблемы, связанные с человеческими отношениями, ответственностью и поиском выхода из необычных ситуаций.