Развитие сюжета начинается с возвращения главного героя в привычную, но уже изменённую обстановку, где он пытается найти баланс между собственными переживаниями и ежедневными трудностями. Одновременно на фоне политических и военных событий разворачиваются действия, связанные с бунтами и операциями, в которых он принимает участие. Его прошлое, в том числе сложные отношения с близкими и друзьями, а также участие в подавлении восстаний, накладывают отпечаток на его последующие решения и влияние на окружающих.

Ситуация осложняется внешними препятствиями — политическими интригами, военными приказами, давлением со стороны разных сторон конфликта — и внутренними ограничениями, продиктованными особенностями коррекции личности и запретом покидать планету Земля. Герою приходится постоянно выбирать между долготерпением и необходимостью действовать, балансируя между личными убеждениями и суровой реальностью, в которой он находится. Взаимодействия с бывшими друзьями и союзниками, а также конфликты с противниками делают ситуацию ещё более сложной.

Главный герой принимает решения, направленные на спасение людей, сохранение собственной жизни и поиск смысла в изменившихся условиях. В процессе он спасает множество страдающих, ведёт борьбу с последствиями своих поступков прошлого и пытается понять свою роль в глобальных событиях. Эти действия ведут к формированию своеобразного счёта, обозначенного метафорой «зарубок», которые символизируют преодолённые испытания и сделанные шаги.

История заканчивается на отметке, где герой всё ещё находится на перепутье — с одной стороны, он пытается сохранить человеческое в себе, с другой — вынужден следовать правилам и ограничениям, диктуемым внешними обстоятельствами. Центральной остаётся тема личной ответственности, поиска баланса между внутренними качествами и внешними ограничениями, а также дилемма, связанная с выбором между жизнью и гибелью в опасном и несправедливом мире. Сорок шестая зарубка авторства Елены Владимировны Долговой концентрируется на этих аспектах, развивая их на фоне боевых и политических событий.