Развитие повествования характеризуется сменой фокуса от сохранения объективности фактов к развитию собственной позиции автора и вовлечению аудитории в обсуждение. Автор формулирует варианты понимания известных и забытых историй — от мистических и философских вопросов, связанных с происхождением человечества и судьбами исторических фигур, до конкретных случаев, связанных с преступлениями, загадочными исчезновениями или социальными феноменами. На этом фоне усложняются внутренние рамки повествования, так как решение, какой из вариантов предпочтительнее, зависит от коллективного выбора и споров, а не от однозначной авторской трактовки.

Используемые автором решения заключаются в представлении читателям возможности самостоятельно выбирать и оценивать версии исторических событий, участвуя в голосованиях и обсуждениях. Это предполагает отказ от доминирующего монотонного изложения и подталкивает к активной рефлексии. Последствия такого подхода проявляются в отсутствии единого финала или разрешения конфликтов — книга заканчивается на этапе постоянного поиска ответов, в процессе которого сохраняется основное напряжение между известным и неизвестным.

Главной задачей, выстроенной вокруг этих сюжетов и исторических миниатюр, является исследование природы тайны и её влияния на человеческое восприятие истории. Ключевая дилемма — возможна ли окончательная истина или же история по определению остаётся полем для множества интерпретаций и споров, вокруг которых собираются разные версии и мнения. Через эту призму формируется основное содержание книги Самая таинственная тайна и другие сюжеты Бориса Акунина.