Развитие сюжета охватывает разнообразные ситуации — начиная с описания преступлений, которые не соответствуют привычным ожиданиям, например, когда самый страшный злодей — не молодой мужчина, а пожилая женщина, способная привести к неожиданным последствиям. Перекрестки между личным, историческим и общественным познаются через призму необычных случаев и исторических памяток, которые автор изучает и поднимает из забвения. Важное место уделяется тому, что принятые традиции или официальные версии не всегда отражают полную картину событий, что осложняет восприятие и исследование.

Усложнение происходит за счёт столкновения с неудобными и малоизвестными фактами, которые противоречат распространённым представлениям, вызывают сомнения и требуют переосмысления. На фоне этого меняются взгляды на уверенностью в правильности ранее сложившихся исторических наративов и социализации агрессии. Препятствиями выступают и внутренние ограничения — предубеждения, недостаток информации, а также сложность объективной оценки прошлого и мотивов людей. Главный герой вынужден принимать решения о том, каким образом представить материалы, чтобы не упростить, но и не запутать восприятие.

В результате, книга выявляет те темы и дилеммы, которые называют «самыми страшными злодеями» — не столько в прямом преступном смысле, сколько в понимании сложных, неожиданно проявляющихся человеческих черт, мотиваций и исторических сцен. Центральный вопрос касается того, насколько наши представления о зле и героях устойчивы и как исторические обстоятельства влияют на то, какие сюжеты доходят до массового сознания, а какие остаются неизвестными или забытыми. В этом контексте раскрывается задача исследователя — выявить и сохранить память о событиях и персонажах, укутавших в себя сложные сочетания личного, социального и исторического. Самый страшный злодей и другие сюжеты Борис Акунин предлагает рассматривать не как набор простых рассказов, а как размышление о том, что определяет человеческую природу и историю в многообразии её проявлений.