После прибытия Васильков сталкивается с бытовыми и организационными трудностями: ограниченный доступ к ресурсам, необходимость ориентироваться в незнакомом городе без надежных помощников и переводчиков. Начинается изучение материалов дела и обстоятельств преступлений. Герой обращает внимание на связь между недавними взрывами и разрушениями зданий, которые могли быть местами сцены преступлений. Поступают сообщения о том, что в некоторых районах продолжают скрываться бывшие эсэсовцы, а военная прокуратура берется за некоторые особо опасные случаи. В сложившейся ситуации возникающие сложности связаны не только с криминальными угрозами, но и с бюрократическими и территориальными ограничениями компетенций служб и подразделений.

Перед героями возникает задача выяснить мотивацию преступников и устранить угрозу, мешающую восстановлению порядка. Кроме обычной борьбы с преступностью, появляется необходимость разобраться с исчезновениями людей без следов и с масштабными актами насилия, от которых страдают гражданские и военные. Васильков и Усольцев решают объединить свои усилия, несмотря на несовершенства первого этапа сотрудничества, чтобы максимально эффективно применить свои знания и опыт. В процессе расследования выявляются осложнения, связанные с недоверием местного населения, сложностью коммуникаций и необходимостью распутывать цепочки преступлений без полноты информации.

Развитие событий приводит к изменению позиции и подходов к решению уголовных задач. Герои сталкиваются с необходимостью принимать трудные решения в условиях ограниченного времени и ресурсов, балансируя между рисками и возможностями. В итоге, расследование выходит за рамки простой криминальной работы, затрагивая вопросы возрождения правопорядка и справедливости в разрушенном войной городе. Основная дилемма сюжета заключается в том, насколько успешным может быть восстановление контроля и защита граждан в среде, где конфликт и преступность еще не исчерпаны, и насколько готовы действовать сотрудники советской военной администрации в новых условиях. Берлинская охота Валерия Георгиевича Шарапова строится вокруг этой задачи и событий, выстраивая повествование на взаимодействии личной ответственности и системных проблем послевоенного времени.