Появление исчезнувшего трупа, странное поведение судмедэкспертов и вмешательство загадочных лиц усложняют привычную ситуацию. Отсутствие памяти у некоторых участников и тайна, связанная с ликвидацией материала, требуют от героя столкнуться с непривычными обстоятельствами, которые вызывают внутреннее напряжение и заставляют переосмыслить подход к своим обязанностям. Несмотря на официальное завершение дела, связанное с отказом в возбуждении уголовного процесса, остаётся множество нерешённых вопросов и "лишних" фактов, которые Шишкин сохраняет для памяти, опасаясь вмешиваться в них официальным путём.

Параллельно развивается линия, связанная с изучением и применением загадочной вязкопластичной субстанции, называемой "Мазь бессмертия", которую хранит знакомый Семён Феофанович. Эта субстанция, способная теоретически обеспечить вечную жизнь, сопровождается множеством тайн и препятствий, начиная от непонятных ингредиентов и заканчивая невозможностью качественно нанести вещество без специальных специалистов, которые находятся за границей. Для героя и его окружения встаёт вопрос о целях и смысле использования такой силы, учитывая личные убеждения и философские взгляды на жизнь и смерть.

В ходе развития сюжета становится очевидным, что простое выполнение служебного долга сопровождается необходимостью принимать нестандартные решения и справляться с воздействием внешних обстоятельств — от тайных воздействий и исчезновения улик до сложных моральных дилемм и взаимодействия с другими персонажами, включая коллег и близких. Выборы, которые приходится делать Шишкину, влияют на его положение и итоговое понимание того, что именно является главной задачей в его профессии и в жизни.

Собранные материалы и пережитые события приводят к сохранению некоторой части информации в неофициальных архивах, отражая дилемму между формальным исполнением обязанностей и личным стремлением к справедливости и истине. Главная тема сосредоточена на балансировании между ограничениями профессии, внешними препятствиями и внутренними убеждениями, оставляя открытым вопрос о том, каким образом можно справиться с необычными вызовами, обременяющими жизнь дознавателя. Вся эта сложная картина легла в основу произведения Михаила Вострикова под названием Сцены из жизни дознавателя Шишкина.