Усложнение ситуации происходит из-за ограничений в подготовке и производстве эффективных алхимических препаратов, а также скептицизма и недоверия со стороны местных жителей, которые не видят в алхимии потенциала для решения общих проблем. На героя ложится ответственность не просто за изготовление лекарств, но и за попытку изменить ход событий, вдохновить людей на борьбу и помочь им объединиться. Отсутствие у него опыта в медитативных и духовных практиках, необходимых для освоения полученной от системы техники, делает задачу более сложной, что требует поиска альтернативных методов решения через алхимические средства.

В ходе повествования герой сталкивается с необходимостью учиться и экспериментировать, удерживаться в условиях физического и психологического давления, совмещая медитативные упражнения с приемом собственных препаратов для достижения устойчивого состояния. Его решения связаны с созданием новых изобретений в алхимии, которые хотя и не обладают идеальной эффективностью, способны оказывать ощутимое влияние и вселять надежду в сообщество. Эта борьба с внешними опасностями и внутренними ограничениями формирует основную линию развития сюжета.

Развитие конфликта приводит к пониманию, что исход важен не только от успеха алхимика, но и от желания и готовности жителей стать сильнее и объединиться против общего врага. Главная дилемма заключается в том, каким образом использовать знания и ресурсы, чтобы изменить ситуацию в условиях постоянных опасностей и ограниченных возможностей. Сюжет ставит задачу преодоления моральных, физический и общественных барьеров с целью сохранения жизни и стабильности в деревне. Всё это отражено в произведении Павла Шимуро под названием Системный Алхимик II.