Развитие сюжета формируется конфликтом между прошлым криминальным окружением тела и необходимостью адаптации в социальном и учебном окружении, где исторически доминируют представители могущественных родов. Внутренние сложности подчеркиваются физическими и психическими побочными эффектами, вызванными экспериментальным состоянием героя, а внешние — напряженной обстановкой между группами и кланами, полномочиями военных и спецподразделениями. Временами события переламываются в моменты раскрытия тайн относительно природы и целей проекта и связанного с ним насилия и манипуляций на государственном уровне.

Герою приходится принимать ряд важных решений, балансируя между необходимостью сохранить жизнь, освоиться в новой роли и разрешить криминальные и социальные сложности, накрывшие его новую жизнь. Эти решения тесно связаны с поддержанием собственной безопасности, контролем над своей ситуацией и изучением особенностей окружающих — включая сверстников и представителей влиятельных родов. Последствия совершаемых выборов оказывают непосредственное влияние на возможности героя изменить положение, в котором он оказался, и подвергают его новыми испытаниям.

Основным содержательным ядром остаётся дилемма противостояния человеческих ограничений, вызванных экспериментальной природой героя, и давления со стороны социального и криминального окружения, в котором он оказался. История исследует вопросы выживания, самоопределения и влияния на будущее в условиях, когда внешние силы контролируют жизнь и действия человека, а личные возможности и желания тесно переплетены с более масштабными государственными и социальными задачами. Книга построена вокруг напряжённости между этими элементами и отражает попытки главного героя справиться с ними в изменившемся мире. Проект Re: Начало написан Emory Faded.