Запуском событий становится попытка управляющих служб и Инспекции контролировать и использовать космическую фауну, а также выяснение предназначения странных существ типа «гриба», приносящего не только пользу, но и опасность. Появление новых союзов и врагов, сложности в отношениях с властью и обществом, а также личные связи и профессиональные обязательства главного героя создают многослойный фон для развития сюжета. В ходе повествования выявляется, что космические существа используются не только для транспортировки и освоения новых миров, но и становятся объектом конфликтов и борьбы за влияние в секторе.

Ситуация усложняется недостатком информации и доверием как среди людей, так и между различными фракциями. Егорову приходится принимать решения, связанные с выживанием, сотрудничеством и противостоянием, балансировать между личными ценностями и внешним давлением. Обстоятельства требуют от него не только адаптации, но и осторожного подхода к выбору союзников и стратегии действий в постоянно меняющемся и напряжённом окружении. Появление новых стрессовых факторов и раскрытие тайны телепортационного гриба усиливают конфликт и вынуждают героя искать выходы из многообразных ловушек.

Развитие конфликта приводит к тому, что герою приходится делать выбор между борьбой с угрозами, сохранением своего положения и поиском возможностей для нормальной жизни и творчества. Основная линия истории сосредоточена на вопросах взаимодействия человека с космической фауной, ответственности за использование этих существ и борьбой за личные и общественные интересы в условиях расширяющегося космического государства. Космофауна – 0. Зверь беглеца Андрея Скоробогатова предлагает взгляд на сложные взаимоотношения и дилеммы, возникающие в мире, где границы между технологиями, природой и обществом становятся размытыми.