Одновременно развивается сюжет вокруг молодых людей, связанных с домом Годунова и его окружением. Там возникают сложности, связанные с политическими интригами и заговором, в том числе к подготовке предательства и устранению возможных претендентов на престол. Противостояние усиливается участием религиозных фигур, таких как молодой иезуит Игнатий, который видит в происходящем возможность исполнения своей миссии и наказания за грехи власти. Его вера и решимость становятся дополнительным фактором, усложняющим ситуацию и вносящим напряжённость в противостояние.

На фоне этих событий появляются сцены военных подготовок, перемещений войск и скрытых интриг, которые влияют на положение ключевых персонажей и становятся причинами для важных решений. Воевода и другие действующие лица вынуждены учитывать опасности, интриги и внутренние распри, принимать решения, которые влияют на их жизнь и будущее региона. Принятие посланцем царя решений и их исполнение влияют на развитие конфликта и на баланс сил между различными группами.

В итоге ситуация остаётся неоднозначной: лидеры пытаются удержать власть и влияние, но при этом сталкиваются с изменчивостью политических и военных обстоятельств. Задача установления контроля и сохранения порядка осложняется как внутренними противоречиями, так и внешним давлением. Основная дилемма связана с выбором между личной безопасностью, долгом перед государем и сложными политическими обязательствами, которые оказывают влияние на линии будущего развития событий. Элементы предательства, борьбы за престол и попыток сохранить или расширить власть сохраняют напряжённость и задают основу для дальнейших перемен. В таких условиях решаются судьбы не только главных героев, но и всего государства.

Такова основная ситуация и ход событий, которые характеризуют произведение Федор Годунов. Южный ветер автора Иван Алексин.