Запуском сюжета становится приезд героя в Мурьинскую больницу в сентябре 1916 года. Это событие задаёт тон всему повествованию — любое его действие происходит на фоне противостояния с суровой реальностью провинциальной медицины в начале XX века. В числе важных эпизодов — знакомство с внутренним устройством больницы, оснащённой большим набором инструментов, но оказавшейся непривычной и чуждой молодому врачу.

Сложности растут по мере того, как герой сталкивается с необходимостью проводить операции и принимать самостоятельные решения, находясь в одиночестве. Ситуация осложняется тем, что его медицинские знания и практика ещё молоды, а местные условия требуют не только умения лечить, но и приспосабливаться к нехватке ресурсов и отсутствию поддержки. Одновременно происходит постепенное погружение в череду событий, связанных с сезонными изменениями, погодными условиями и особенностями сельской жизни, которые влияют на работу больницы и здоровье пациентов.

В центре повествования оказываются дилеммы между теоретическими знаниями и реальной практикой, а также необходимость сохранять самообладание в условиях ограниченных возможностей. Герой принимает решения, связанные как с медицинскими процедурами, так и с выстраиванием отношений в коллективе и с окружающими людьми. Он сталкивается с необходимостью брать на себя ответственность за жизнеобеспечение больницы и ищет баланс между своими ожиданиями и тяжёлой повседневной реальностью.

Развитие событий ведёт к закреплению позиции доктора в новой среде, но вместе с тем сохраняет открытой тему конфликта между молодым врачом и обстоятельствами, где он работает. Сюжет формирует представление о том, как начинается путь медицинского практиканта в сложных условиях, и как события влияют на его профессиональное и личностное становление. Центральным остаётся вопрос о том, насколько удастся сохранить человечность и профессионализм в условиях суровой провинции и постоянного давления внешних и внутренних факторов.

Таким образом, на страницах произведения, написанного Михаилом Афанасьевичем Булгаковым, прослеживается история молодого медика, оказавшегося в непривычной для себя обстановке, наглядно демонстрирующая сложности и вызовы начала врачебной карьеры в удалённой сельской местности, что воплощено в названии Полотенце с петухом.