Сюжет разворачивается в условиях растущей угрозы со стороны морфов и мародеров, которые не только уничтожают остатки нормальной жизни, но и мешают попыткам спастись. Появление военных, получающих приказы, ограничивает свободу передвижения и помощь другим. Они ведут себя цинично и жестко, подчёркивая невозможность спасти всех. Герои сталкиваются с необходимостью сделать выбор между упованием на помощь извне и борьбой своими силами, понимая, что многие обречены. Дополнительные трудности создают внутренние конфликты, разочарование и страх перед будущим.

Кириллу и его окружению приходится принимать тяжелые решения: каким образом попытаться выйти из опасного места, кому можно доверять и как сохранить хотя бы остатки человечности в безжалостном мире, где каждая ошибка приводит к смерти. Задачи выживания осложняются невозможностью получить четкую информацию и постоянным изменением ситуации из-за морфов и конфликтов между группами выживших. В этих условиях герои пытаются найти путь к спасению, но неясно, чего оно стоит и что ждет их впереди.

Главная дилемма истории связана с выбором между борьбой и сдачей, с поиском целей в мире, где привычные правила потеряли силу. Важным становится вопрос: как сохранить человечность, когда окружают лишь смерть и мутация, и можно ли отстоять свою жизнь и принципы в эпоху, когда умершие воскресают, чтобы уничтожить живых. Поднятые проблемы выстраивают основу происходящих событий и определяют направление развития сюжета в книге Живые в эпоху мёртвых. Дилогия Александра Александровича Иванина.