Развитие сюжета запускается самим процессом приближения решительного этапа, влияющего на всех обитателей мира. Главные герои сталкиваются с необходимостью подготовки к этому периоду, который сопровождается внешними опасностями, такими как крысы — существа ночи, и внутренними напряжениями, связанными со страхом, одиночеством и изменением мира вокруг. Шестипалый постепенно учится справляться с этими сложностями при помощи Затворника, который передаёт знания и методики укрепления, помогая преодолевать физические и психические препятствия.

Проблемы усложняются по мере того, как страх и депрессия переходят от одного к другому, обостряя напряжение между героями. Внешние обстоятельства, включая отношение паствы, влияние богов и загадочные события, как Околепсис Синей Ленточки — проповедь Шестипалого, вызывают дополнительные трудности и меняют динамику внутри группы. Взаимоотношения между Затворником и Шестипалым становятся менее однозначными, когда оба начинают осознавать, что их усилия могут не привести к ожидаемому результату. Намечается возможность уступить общей судьбе и перейти в Цех номер один вместе со всеми, что воспринимается как неизбежность и одновременно утрата индивидуального контроля над ситуацией.

Принятие таких решений сопровождается внутренними размышлениями о значении заслуг, о месте в социуме и о том, что представляет собой закон жизни и тайна веков. Развитие истории сосредоточено на сохранении индивидуальности и стремлении к пониманию окружения в условиях цикличности, где изменения кажутся повторяющимися и неизбежными. Главные вопросы — как поддерживать себя в ограниченных условиях и как реагировать на присутствие неизбежного решения, обозначающего поворотный момент для всего мира.

Таким образом, книга Затворник и Шестипалый автора Виктор Олегович Пелевин описывает существование в мире с чётко установленными рамками и циклами, где герои пытаются найти место и смысл в преддверии важного этапа. Центром повествования является столкновение с ограничениями и постоянное стремление понять происходящее, что формирует основу внутреннего и внешнего конфликта на протяжении всей истории.