По мере развития сюжета к основным трудностям добавляются внутренние противоречия и конфликты между героями. Среди них значительную роль занимает Алиса Селезнева, которая оказалась вовлечена в ситуацию готовящихся боевых действий и пытается понять причины войны и помочь своим друзьям. Её положение единственной, кто временно изменила свой размер, чтобы участвовать в событиях, создаёт дополнительные сложности. Попытки предотвратить дальнейшее ухудшение ситуации сталкиваются с множеством преград, включая предательство и непредвиденные действия с обеих сторон конфликта.

В процессе повествования становятся ясны причины и последствия происходящего: необходимость борьбы за выживание и сохранение идентичности собственного народа. Решения, которые принимают главные действующие лица, связаны с попытками преодолеть неравенство сил и «восстановить равновесие». Каждый из них вынужден оценивать риски и выбирать между непосредственным противодействием и поиском компромиссов. Развитие конфликта обнажает дилеммы, связанные с властью, ответственностью и последствиями силы.

Главным вопросом, вокруг которого сосредоточено повествование, является взаимоотношение между могущественными и слабыми, умением выживать и сохранять достоинство в сложных обстоятельствах. Этот конфликт формирует основу для дальнейших действий и решений героев. В итоге история разворачивается вокруг попыток остановить войну и найти пути к мирному существованию, несмотря на масштабные препятствия и угрозы, которые исходят от более сильных и крупных противников.

Так выстраивается сюжет книги Война с лилипутами автора Кир Булычев, раскрывая взаимодействие персонажей в условиях напряжённого конфликта и непростой борьбы за будущее.