Основные события истории запускаются с момента, когда герой начинает расследовать природу загадочных данных, поступающих из экспериментального ретранслятора, и пытается понять свое отношение к проекту «Эдем». Его путь сопровождается подписками на помощника в виде боевого интеллектуального модуля — симбионта с позывным «Симба», который помогает анализировать ситуацию и искать решения. Вместе они сталкиваются с усиливающимися трудностями: непредсказуемыми техническими неполадками проекта, разрастающейся угрозой со стороны окружающей агрессивной флоры и зверей, а также внутренними конфликтами с теми, кто боится или ненавидит главного героя за его происхождение.

Сложность ситуации возрастает из-за недоверия и противоречий между разными участниками событий, что затрудняет поиск истины и принятие эффективных решений. Главный герой должен постоянно балансировать между собственным выживанием и необходимостью раскрыть тайны проекта, которые могут повлиять на судьбу не только его самого, но и всего человечества. Его решения связаны с преодолением ограничений, наложенных как физическим состоянием, так и социальным окружением, и требуют выбора между риском и безопасностью, между доверием и подозрением.

Развитие сюжета ведёт к затрагиванию главной темы — дилеммы, связанной с инновациями и контролем над ними, с гранями гуманности и технологии. Герой оказывается втянут в конфликт, где определяющим становится вопрос, кто или что на самом деле управляет информацией и действиями в новом цифровом мире, и насколько далеко можно пойти в стремлении к сохранению и улучшению жизни. Эта напряжённая ситуация формирует основу повествования и стимулирует поиск ответов, вокруг которых разворачиваются события романа Осколки Протокола. Контур забвения, написанного Юрием Уленговым.