Сложившаяся ситуация меняется, когда на территорию академии проникают враги, представляющие угрозу как для самой школы, так и для обитателей. К тому же, внутри академии появляются новые кураторы и представители власти, что меняет принципы взаимодействия и добавляет напряжённости. Появляются персонажи с собственными интересами и взглядами на управление, что осложняет общую картину и требует от Макото находить баланс между личными убеждениями и необходимостью подчинения вышестоящим решениям.

Усложняет ситуацию появление новых военных сил и неожиданных союзников, которые вместе с главным героем должны работать над предотвращением масштабных конфликтов и сохранением стабильности. Это ведёт к необходимости принимать решения, совмещающие стратегию и тактику, учитывать политические и личные мотивы, а также управлять ресурсами в условиях ограниченного времени и информации.

Развитие событий приводит к изменениям в личных отношениях и восприятии главного героя окружающими. Вокруг него формируются близкие связи, но остаются и вопросы лояльности, ответственности и судьбы тех, кто зависит от его выбора. В итоге Макото вынужден делать выбор, направленный на защиту академии и идеалов, несмотря на возникающие риски и угрозы.

Основным конфликтом, сквозь который проходит сюжет, является противостояние между желанием сохранить порядок и стабильность и необходимостью реагировать на внешние и внутренние вызовы. Этот конфликт задаёт тон всему повествованию, влияет на действия персонажей и формирует главные дилеммы, стоящие перед ними. В итоге история сосредотачивается на ответственности и цене, которую приходится платить за принятие трудных решений в сложных обстоятельствах.

Таковы основные линии развития и проблематика, которые раскрываются в произведении Макото. Том третий автора Алексей Шмаков.