Проблема усугубляется также личными ограничениями и внутренними сомнениями руководящих лиц. Командование, представленное не всегда компетентными в тактическом смысле фигурами, создает дополнительные препятствия. Неумение быстро и эффективно реагировать на изменения приводит к трагическим последствиям. Адмирал Андреев оказывается вынужденным перебороть недостаток ресурсов, неготовность подчинённых и устаревшие методы, чтобы организовать сопротивление и медицинскую службу. Он принимает решения, которые отражают сочетание медицинских знаний и стратегической необходимости, но при этом вынужден мириться с ограничением своих полномочий и изменениями в командной структуре.

Неудачи в тактике, проблемы с подготовкой и плохая координация приводят к череде трагических боёв, заставляя использовать быстроходные и хорошо бронированные корабли для прикрытия более слабых, а отставших и назначенных на прикрытие отрядов — выполнять функции защиты тыла. Переформатирование состава флота вызывает недовольство и вопросы, но выборы сделаны исходя из текущих возможностей, что также отражает стратегическую ситуацию. Таким образом, исход войны и судьба адмирала оказываются неразрывно связаны с обстоятельствами, которые выходят за рамки обычного командования: состояние общественно-политической обстановки, смены в высших эшелонах власти и технологические проблемы морских сражений становятся постоянными спутниками событий.

Развитие конфликта не svодится только к морским сражениям или военным решениям. Параллельно показаны сложности с сохранением власти, общественным мнением и личными трагедиями, связанными с судьбами ключевых персон и их семей. История оказывается вплетённой в более широкий политический и исторический контекст, который оказывает влияние на военные действия и моральный дух участников. Внутренние разногласия, ограниченность ресурсов и несовершенство командования влияют на итоговые результаты, оставляя открытым вопрос о том, какой путь был бы возможен при иных условиях.

Под флаг адмирала Макарова, написанная Германом Романовым, описывает цепочку событий и решений, связанных с подготовкой и ведением войны на море, затрагивая философские и практические вопросы командования, медицины и человеческих жертв в военное время. Центральным остаётся дилемма между долгом, несовершенством обстоятельств и необходимостью принимать решения, часто под рычагом жесточайших реалий тех лет.