Развитию сюжета способствует попытка Александра сохранить коллекции дрожжей и плесневых грибков, потенциально жизненно важных для получения лекарств и пищевых продуктов. Он пытается разобраться в каталоге культур, которые оставили до войны, и понять, какие из них могут быть использованы с максимальной пользой. Однако на пути стоят не только внешние преграды, связанные с военными транспортными ограничениями и военно-политической ситуацией, но и внутреннее недоверие и ограничения, накладываемые руководством института и коллегами.

Ситуация осложняется тем, что несмотря на официальные планы и распоряжения, доставка новых аппаратов остаётся под вопросом из-за занятости железных дорог воинскими перевозками. Сотрудники института разделились во мнениях, и в разговоре с директором Василием Ивановичем Шарковым Александр сталкивается с жёсткими ограничениями по доступу к коллекциям и лабораторным ресурсам, что требует от него осторожных решений и точных расчётов. Необходимость быстрого реагирования на вызовы времени заставляет искать компромиссы и альтернативные пути для сохранения научного потенциала.

В процессе Александр принимает решения о том, какие штаммы и культуры подлежат первоочередной проверке и выращиванию, а также как организовать лабораторные мощности для их культивирования. Его действия связаны с необходимостью обеспечить лабораторию нужным оборудованием и сохранить возможность работы в условиях приближающейся блокады. Это требует не только научных знаний, но и умения вести переговоры с администрацией и отстаивать свои предложения на фоне общего напряжения.

Конфликт между военными обстоятельствами, бюрократией института и научными задачами становится центральным в ходе развития сюжета. Все эти факторы формируют дилемму о том, как сохранить и применить знания и ресурсы для обеспечения выживания города и его жителей. Основная задача, стоящая перед героем, — удержать непрерывность научной работы и наладить производство критически важных продуктов и медикаментов в условиях приближающейся блокады и военных ограничений. В результате этих усилий вырисовывается картина борьбы не с фронтовыми врагами, а с голодом и болезнями, где поле боя — лаборатория и научный институт.

Так складывается рамка повествования, построенная вокруг сохранения научных достижений и оборудования, ресурсов микробиологической коллекции, а также вызовов, связанных с организацией производства в чрезвычайных условиях войны. Микробиолог. Спасти Ленинград. авторства Ника Перумова концентрируется на научной и человеческой борьбе за устойчивость города в период исторических потрясений.