Сюжет развивается через детальное обсуждение отдельных операций, инцидентов с использованием муляжей взрывных устройств в различных городах, а также нераскрытых или спорных деталей расследований. Особое внимание уделяется процедурам задержания, следствия и взаимодействия ФСБ с другими силовыми структурами и прокуратурой, что выявляет сложности и противоречия в оформлении официальных документов и проведении проверки обстоятельств взрывов. События усложняются ростом недоверия к спецслужбам, а также появлениями заявлений и реакций высоких должностных лиц, которые вызывают дополнительные вопросы и разногласия в обществе и правоохранительной системе.

Перед главным героем, как и перед обществом в целом, стоит дилемма поиска истины среди множества версий и скрываемых фактов. Решения, которые приходится принимать участникам истории, связаны с выбором между молчанием и разоблачением, между безопасностью и риском репрессий. Последствия этих решений сказываются на ход расследований и судьбах людей, вовлечённых в события, создавая ситуацию, в которой правду трудно отделить от пропаганды и манипуляций. Ключевой задачей остается установление ответственности и выявление реальных виновников взрывов, что, однако, постоянно затрудняется из-за закрытости и секретности спецслужб.

Итоговая ситуация оставляет открытыми вопросы о границах полномочий и ответственности ФСБ, а также о возможных злоупотреблениях и политических играх, происходящих в рамках борьбы с терроризмом. Центральной темой становится конфликт между необходимостью обеспечения безопасности и угрозой использования этой необходимости для оправдания противоправных действий. Внимание к этим проблемам подчеркивает сложность и неоднозначность роли государственной безопасности в современной России, ставя на повестку вопросы прозрачности, контроля и законности в работе спецслужб. Книга от Юрий Георгиевич Фельштинский, Александр Вальтерович Литвиненко выражает позицию, которая требует переосмысления официальных версий и поиска глубинных причин трагических событий, описывая ситуацию с критической точки зрения и предоставляя материалы для дальнейшего обсуждения. Она известна под названием ФСБ взрывает Россию.