Развитие событий начинается с попыток проникнуть в помещения, где хранятся документы и материалы, а также с анализа написанных работ и теорий, которые раскрывают необычный взгляд на происходящее. Герой в ходе своих задач натыкается на противоречия в научных отчетах и теориях, представленных Барченко, и предлагает альтернативные гипотезы о природе управляемых существ, включая возможные ограничения в контроле над ними. Появляется дилемма о том, как именно функционируют мистические связи между живыми и сверхъестественными силами, и каким образом подготовка фамиралов может влиять на выживание в экстремальных условиях.

Усложнение ситуации возникает с появлением новых данных и подтверждений, что контроль над «мертвяками» ограничен, а их влияние непредсказуемо. Кроме того, подопечный, известный под псевдонимом «Беглец», демонстрирует нестабильное состояние, вызывающее необходимость постоянного наблюдения и специальных мер. Между тем, герою приходится работать не только с таинственными явлениями, но и с бюрократическими ограничениями, а также с внутренними распрями в организации, что влияет на ход расследования и доступ к информации.

В ответ на трудности герой выбирает попытки комбинировать научный подход с интуитивным пониманием паранормального, взаимодействуя с коллегами и используя собственные наблюдения. Его решения направлены на выявление правильных объяснений и поиск уязвимых мест в теории контроля над сверхъестественными существами. Итогом становится необходимость переосмысления уже установленных органов власти представлений о природе происходящего, а также пересмотр тактики взаимодействия с объектом и связанными с ним явлениями.

Главным конфликтом остаётся дилемма определения границ контроля над необъяснимым и поиск способов обеспечить безопасность в условиях, когда привычные методы не работают. Эта задача влияет на дальнейшее развитие событий, а сама тематика касается взаимодействия науки, паранормального и сил тоталитарной системы, ответственной за хранение и изучение этих явлений. Основное внимание уделяется тому, как персонаж справляется с внутренними и внешними ограничениями в попытках понять и удержать ситуацию под контролем. Таким образом развивается сюжет, касающийся поиска баланса между властью, знаниями и сверхъестественным.

Такова основная линия произведения «Хранить вечно. Дело № 3» Бориса Батыршина.