История продвигается через череду экспериментов и контактов с теми, кто не смог успешно адаптироваться, а также вопросам о цене, которую приходится платить за достижения в познании и попытки овладеть знаниями и технологиями, выходящими за пределы привычного. Постепенно выясняется, что условия и представления о гуманности в другом мире отличаются от земных, что приводит к напряжённым диалогам и моральным выборам среди персонажей. В центре этих изменений оказывается и практика вивисекции, используемая с научными целями, однако вызывающая неоднозначные реакции.

Развитие сюжета приводит к необходимости принять решения о границах допустимого в исследовании, о том, какие жертвы стоит приносить ради понимания и интеграции других форм бытия. Главный конфликт сконцентрирован вокруг вопросов идентичности, ценности жизни и индивидуальности в условиях трансформации и переноса сознания. Ситуация требует от участников разобраться с тяжестью ответственности и с тем, насколько человечество готово к такому вмешательству в природу сознания и тела.

Возвращение Ктулху отражает сложность взаимодействия научного поиска и этических рамок в условиях, когда привычные представления о реальности подвергаются сомнению. Центральной темой остаётся столкновение неизведанного с человеческими попытками понять и контролировать окружающий мир, а также выбор между эмпатией и прагматизмом, который становится судьбоносным для героев и всего мира вокруг них. Авторы Вероника Батхен, Мария Семеновна Галина, Юрий Фёдорович Гаврюченков, Алексей Викторович Лебедев, Владимир Константинович Пузий представляют эту комплексную ситуацию через детальные описания необычных событий и внутренние дилеммы персонажей.