Сюжет развивается вокруг попыток Марка и его товарищей понять истинную природу происходящего, а также выстроить отношения и объединиться для противостояния внешним угрозам. Внутри коллектива появляются сложности — кто-то скрывает способности, кто-то борется с психологическими травмами, а кто-то пытается найти общий язык с теми, кто контролирует их судьбу. Возникает противостояние между желанием сохранить личную свободу и необходимостью выполнять требования властей института, что добавляет драматизма и сложность принятию решений.

Постоянные тесты, ограничения в использовании способностей, а также скрытые мотивы кураторов проекта затрудняют усилия главных героев. Марку приходится разгадывать загадки, связанные с его происхождением и ролью в проекте, а также взаимодействовать с Мией — девушкой с сомнительным прошлым и сложным характером, чьи способности и внутренний мир остаются загадкой для остальных. Вместе с другими участниками он пытается найти способ не только выжить, но и изменить ситуацию в свою пользу.

Общая дилемма, вокруг которой построена история, связана с выбором между подчинением новым условиям и стремлением к самостоятельности, а также решением, насколько глубоко герои готовы погрузиться в тайны своих сил и использованных методов контроля. Их развитие и взаимоотношения влияют на ход событий, позволяя по-разному взглянуть на задачу раскрытия потенциала и борьбы с внешними и внутренними барьерами.

Кульминацией становится осознание масштабов происходящего и необходимость для Марка и его товарищей принимать сложные решения в условиях ограниченного пространства и напряжённой атмосферы контроля. История развивает темы ответственности за свои способности, взаимодействия с неизвестным и поиска смысла в происходящем, оставляя открытым вопрос о дальнейших шагах и судьбе героев. В таком ключе построена книга Наташи Эвс «Метанойя. Обратники».