Развитие сюжета приводит к появлению Маргариты, женщины, которая играет важную роль в изменении положения Мастера. Её действия и выборы становятся связующим звеном между земным и сверхъестественным, между личным и общим, тем самым осложняя и одновременно открывая новые возможности для главного героя. Сложности включают не только внешние препятствия, но и внутренние сомнения, страхи, вопросы о смысле и цене свободы мысли и чувств. Эти обстоятельства заставляют Мастера и Маргариту принимать трудные решения, которые влияют на ход событий и судьбы всех участников.

Влияние Воланда и его свиты приносит в мир героев мистические и устрашающие проявления, оказывающие давление на привычный порядок вещей. Появляется тема расплаты, возмездия и прощения, что отражается в последних сценах романа. Сложность выбора между прошлым и настоящим, светом и тьмой, верой и сомнением остаётся доминирующей проблемой. Конфликт развивается в плоскости поиска покоя и истины, где решения и действия героев ведут к изменению их положения и внутреннему преображению.

Главная задача, круг которой замыкается на судьбе Мастера и Маргариты, затрагивает вопросы творчества, личной ответственности и свободы в условиях давления общества и власти. Развитие истории в конечном счёте приводит к состоянию, в котором западня внешних обстоятельств и внутренних колебаний даёт почву для символического выхода героя из его прежней жизни, открывая возможности для нового начала или примирения с собой. В центре остаётся дилемма между желанием сохранить своё произведение и страхом перед его последствиями, между любовью и потерей, между изгнанием и надеждой, что формирует основу повествования в Мастер и Маргарита (переписанные главы) Михаила Афанасьевича Булгакова.