Внезапное возвращение Иисуса, представленного в лице кроткого и молчаливого человека, нарушает привычный ход событий. Он появляется в этот мир в миг, когда инквизитор уверенно держит власть и утверждает свой порядок. Возвратившийся вызывает противоречия, так как его присутствие напоминает о свободе, которую общество пыталось заглушить. Это событие вызывает внутренний конфликт у инквизитора, заставляя его пересмотреть свои методы и позиции. Однако снаружи его задача остаётся прежней — удержать власть и подавить всякую угрозу тому, что он построил для «счастья» людей.

Основным осложнением становится невозможность сочетать свободу, принесённую Христом, с устроенным инквизитором миром, основанным на полном подчинении и отказе от самостоятельного выбора. Люди, согласно инквизитору, будут счастливы только тогда, когда откажутся от свободы в обмен на покой и простоту решения, которые он предлагает. Это противостояние двух подходов — свободы и подчинения, веры и тайны, личного выбора и коллективного порядка — лежит в основе развития событий и усиливает напряжение. Инквизитор заявляет, что намерен избавиться от помехи, которую представляет Иисус, даже если для этого придётся пойти на крайние меры.

Выбор, который предстоит сделать инквизитору, касается дальнейшего пути человечества — продолжать ли бороться со свободой и жаждой знания, или дать людям самим решать, несмотря на страдания. В финале история не даёт однозначного ответа, оставляя открытой дилемму о цене свободы и ответственности и о том, насколько человечество готово к правде и самостоятельности. Именно эта дилемма, ставшая центральной, отражает суть конфликта между личной свободой и навязанным порядком, который остается нерешённым в пределах повествования. Автор Федор Михайлович Достоевский посредством этой истории задаётся вопросом о соотношении веры, власти и свободы в жизни общества и отдельного человека.