Сюжет начинается с конкретного случая: женщина, пришедшая нести цветы от бельгийского консула в дом князя, оставляет таинственную корзинку, внутри которой оказывается младенец. Этот эпизод становится отправной точкой для дальнейшего исследования жизни трущоб и связанных с ней проблем. Постепенно обстоятельства и встречи осложняют простое наблюдение: автор сталкивается с реалиями судебных камер, жизнью нищих, работой полиции и влиянием социальных институтов. Появляются препоны в виде отсутствия подготовленности, неполных данных и сильной стигмы общества, которая мешает широкому восприятию описываемых явлений.

Двигая сюжет вперёд, главный герой вынужден решать, как донести правду до читателя, учитывая, что многие факты вызывают сопротивление и непонимание, особенно в более благополучных слоях общества. Приходится учитывать ограничения и цензуру, из-за чего часть материала остаётся неполной или упрощённой, что порождает внутренний конфликт между стремлением к точности и внешними требованиями. Также важным становится вопрос ответственности: что делать с полученной информацией, как повлиять на общественное мнение и на самих обитателей трущоб, если их положение кажется безысходным.

Развитие истории приводит к утверждению главной темы — трудности жизни в Петербургских трущобах и сопряжённые с ними проблемы безнадёжности, отчаяния и социальной изоляции. Повествование ставит акцент на необходимости не только наблюдения, но и участия, на том, что причины этих явлений нельзя сводить к вине отдельных личностей, а следует искать в условиях, формирующих такую жизнь. В итоге главная дилемма связана с осознанием масштабов бедствия и тем, насколько способен автор или общество изменить ситуацию, оставаясь при этом в границах правды и реализма. Петербургские трущобы. Том 1 Всеволода Владимировича Крестовского задаёт эту проблему и предлагает материал для дальнейших размышлений, не предъявляя готовых решений.