Мир книги сталкивается с необычной и опасной ситуацией: через таинственные врата, ведущие в иной мир, происходит вторжение армии из Далёкого Отечества, что нарушает привычный ход жизни и ставит под угрозу существование известного мира. Лидеры различных сторон пытаются понять суть угрозы и найти пути для разрешения конфликта. На фоне военных столкновений и дипломатических переговоров разворачиваются события, связанные с необходимостью реагировать на новые вызовы. Центральной фигурой является профессор-палеонтолог Родислав Аркадьевич Анисимов, чьи научные исследования связаны с древними видами, сохранившимися в неизменном виде благодаря уникальным условиям определённых мест. Хотя наука отвергла его теории из-за их спорности и отсутствия подтверждений, новая экспедиция, поддержанная государством и возглавляемая военными, ставит перед ним задачу подтвердить или опровергнуть его гипотезы. В это время ситуация осложняется тем, что экспедиция должна проходить в сложных условиях, а её успех напрямую влияет как на научную репутацию профессора, так и на ход противостояния с внешней угрозой. Научное сопровождение и взаимодействие с военными создают для Анисимова необходимое пространство для реализации своих идей, однако постоянное напряжение, сомнения и непредсказуемые обстоятельства задают множество препятствий. Наряду с военными операциями в городе Илионе, где недавно закончилась битва, важное место занимают дипломатические переговоры о мире между настоящими противниками, в числе которых представители Федерации — наследники Рима Изначального из Далёкого Отечества.

Их миротворческие устремления вызывают вопросы и недоверие, поскольку победа в боевых действиях остаётся спорной, а опыт общения с новым миром ещё только начинается. Развитие сюжета подчеркивает борьбу между желанием сохранить свои позиции и необходимостью адаптироваться к новым реалиям, что отражается в научной, военной и дипломатической сферах. Противостояние принимает как внешние формы конфликта, так и внутренние: между учёными и военными, между личными амбициями и государственными интересами, а также между старым мировоззрением и новыми знаниями. Основной задачей становится поиск баланса между защитой мировых границ, научным открытием и поиском мира с недавно открывшимися соседями из иного измерения. В такой атмосфере вынуждены действовать и принимать решения как отдельные личности, так и целые организации. В результате сложившихся обстоятельств формируется дилемма выбора между консервацией старых идей и необходимостью принимать новые факты, что остаётся центральной темой книги. Ключевое напряжение сохраняется вокруг того, как человечество сможет существовать в условиях вторжения и общения с представителями другого мира, не потеряв при этом своё положение и идентичность. Такое развитие событий и сосредоточение на сочетании науки, военной стратегии и дипломатии определяют главную линию повествования в произведении Врата: Далекое Отечество Сергея Кима.