В ходе плавания команда сталкивается с редкими природными явлениями и трудностями глубинных исследований. Они наблюдают, как морские течения, холодные и тёплые, оказывают комплексное влияние на климатические условия Приморья и других регионов. Вместе с тем, внутри команды возникает напряжённость из-за необходимости соблюдения дисциплины и поддержки морального духа экипажа в условиях долгого скрытого плавания. Нарастающая международная напряжённость и попытки врагов использовать военные авантюры обостряют ситуацию, что вызывает у капитана Воронцова необходимость принимать сложные решения по изменению маршрута и действиям подлодки, чтобы сохранить тайну операции и выполнить задачу.

Отдельное осложнение возникает из-за того, что миссия носит двойственный характер — одновременно военно-стратегический и научный. Решения капитана отражаются на безопасности экипажа и успехе научных изысканий, а также на обороноспособности страны. Конфликт между технологическими возможностями подлодки и угрозами извне требует постоянного баланса: капитан и учёные должны сочетать военную предусмотрительность с исследовательской смелостью. Главная тема заключается в том, как сочетание научных знаний и военной стратегии влияет на обеспечение безопасности и понимание океанских глубин в условиях международной политической напряжённости. Название произведения, написанного Григорием Борисовичем Адамовым, обыгрывает двойственность океанов как пространства, где сталкиваются интересы науки, техники и политики.