На фоне внешних военных угроз и внутренних конфликтов главный герой оказывается в ситуации, где ему приходится не только выполнять свои непосредственные обязанности, но и искать новые пути решения, включая предложения о переводе на службу в другие стратегические регионы, где нужны опытные кадры. Однако даже такие предложения не находят поддержки среди коллег, что ещё больше осложняет условия для перестройки и укрепления военных сил. В процессе развития сюжета герою приходится решать вопросы не только организации войск, но и взаимодействия с разными человеческими характерами, а также осваивать новые навыки и брать на себя дополнительные обязанности, например, самостоятельно готовить пищу и обеспечивать собственное существование в экстремальных условиях.

Основной конфликт дополнительно усложняется необходимостью противостояния не только внешнему врагу, но и внутренним предубеждениям и интригам, влияющим на ход службы и судьбу офицеров. Герой сталкивается с противоречиями между личной ответственностью, воинским долгом и влиянием политических факторов. Его решения оказывают непосредственное влияние на военную организацию, борьбу со врагом и перспективы сохранения независимости бурских республик. Через призму личных испытаний и сложных выборов раскрываются вопросы верности, дисциплины и выживания в нестабильной боевой обстановке.

По ходу развития событий внимание уделяется структуре вооружённых сил буров, особенностям кадрового состава и задачам по подготовке новых офицеров и специалистов. В книге говорится о создании уникальных разведывательных подразделений, инженерных и воздушных частей, а также о взаимодействии с союзниками. Все эти элементы формируют сложное и многослойное окружение, в котором главный герой действует, принимая судьбоносные решения. Развитие конфликта приводит к тому, что выборы и поступки персонажей определяют дальнейшее положение армии и политическую ситуацию в регионе, создавая напряжённость, сохраняющуюся на протяжении всего сюжета.

Такое сочетание военных действий, внутренних противоречий и личных дилемм остаётся центральной темой произведения Генерал-коммандант, написанного Александром Вячеславовичем Башибузуком.