Развитие сюжета начинает происходить после того, как команда сталкивается с новыми вызовами, в том числе с неизвестными и достаточно сильными противниками, такими как французский корсар Санглиер, чьё имя вызывает беспокойство у местных фрегатов. Эта угроза усложняет положение Командора и его людей, заставляет искать новые способы укрепления и обороны, а также заставляет пересмотреть технические возможности и оружие, доступное группе. При этом выясняется, что изготовить современные боеприпасы или улучшить вооружение практически невозможно, что серьёзно ограничивает боевой потенциал команды.

Обострению ситуации способствует не только внешняя угроза, но и внутренние проблемы: неуверенность в своих силах у некоторых членов команды, необходимость обучать и тренировать даже тех, кто уже имеет боевой опыт, а также противоречия между желанием быстро решать проблемы и реальными возможностями. Командор старается поддерживать дисциплину и боевой дух, но сталкивается с тем, что не все готовы или способны следовать его строгим требованиям, что осложняет организацию действий.

Принятие решений проходит через баланс между необходимостью действовать решительно и учётом ограничений, связанных с доступностью ресурсов и людскими качествами. Командор принимает курс на обучение и подготовку, настраивая команду на долгую борьбу и постепенное улучшение. Символом их нового единства становится флаг с изображением, не похожим на привычный пиратский череп, а изображающим улыбающуюся морду кабана, что отражает самобытность и настроение команды. Эта перемена знаменует определённое обновление в их идентичности и подходе к конфликтам.

В итоге развитие истории концентрируется на основной задаче — сохранить команду и найти своё место среди новых врагов и обстоятельств, сохраняя при этом лидерство и сплочённость. Центральная дилемма остаётся в том, как справиться с ограничениями и противодействием, не потеряв доверия и готовности к действиям. Тема главенствует в противостоянии между необходимостью адаптации к новым условиям и стремлением сохранить прежние ценности и уверенность в успехе.

Таковы основные линии сюжета, объединённые вокруг сложной ситуации, лидерства и борьбы за выживание и самоутверждение в непростом окружении, как это описано в книге Алексея Алексеевича Волкова под названием Флаг Командора.