Сюжет развивается вокруг столкновения между внешними силами — бюрократией, религиозной инквизицией и представителями оккультных обществ, и внутренними задачами героя, который пытается найти нужные книги и разобраться в таинственных событиях, угрожающих городу и его обитателям. Поиски затрагивают закрытые подземелья, запретные архивы и окутанные тайной территории. Усиливается напряжение из-за присутствия темных душ и присутствия блюстителей порядка, препятствующих свободе действий.

Усложнения связаны с ограничениями доступа и недоверием со стороны официальных структур, а также с внутренней неполнотой информации о происхождении и целях потусторонних сущностей. Вмешательство религиозных клириков и представители серьёзных организаций ставит героя перед выбором способов взаимодействия, возможных жертв и компромиссов. Появляются ситуации, когда приходится выбирать между соблюдением правил и необходимостью действовать, чтобы защитить себя или помочь тем, кто оказался в опасности.

Решения главного героя основаны на сочетании осторожности и попыток инициативы — он стремится использовать доступные ресурсы, объединять сведения из разных источников и сохранять присутствие в университетской среде для реализации своих целей. Итогом развития конфликта становится сохранение определённого баланса между угрозами и защитой, совпадающим с темой столкновения света и тьмы, науки и веры, открытого знания и тайны. В центре остаётся дилемма, связанная с приемлемостью жертв ради общественной или личной безопасности, а также необходимость ориентироваться в сложных отношениях между властью, тайными обществами и мистическими явлениями.

Это описание отражает ситуацию и ход событий в произведении Аутодафе автора Алексея Пехова, ориентированного на тематику взаимодействия человека с иными мирами на фоне сложных социальных и религиозных структур.