Событием, которое меняет ход дела, становится массовое чипирование всех живых людей специальными мозговыми имплантатами. Эта процедура обязательна и должна обеспечить контроль и управление над личностью через цифровые технологии. Однако в одной из таких процедур происходит необычное явление: при попытке чипировать Иоанна Зеведеева, называющего себя апостолом, медицинские датчики фиксируют вокруг его головы особое излучение, проявляющееся в виде нимба. Это лишает Искусственный Интеллект возможности распознать Иоанна, поскольку его информация отсутствует в базе. Такое отклонение в цифровой системе вызывает необходимость передать его под наблюдение высших специалистов, поскольку ситуация выходит за рамки обычных процедур.

Восстановившиеся люди, включая Иоанна и других, становятся частью новой реальности, где сочетание технологий, веры и воспоминаний прошлого создаёт неоднозначную основу для дальнейших событий. Они сталкиваются с устаревшими традициями, новыми технологиями и попытками сохранить человеческую идентичность в условиях цифрового контроля. Люба и другие персонажи, присутствующие при чипировании, представляют собой социальный слой, который адаптируется к новым правилам, следит за порядком и обеспечивает пропуск на работу и другие действия.

Проблемы усложняются внутренними конфликтами среди воскрешённых, а также постоянным давлением со стороны Искусственного Интеллекта, который не терпит исключений и требует полного подчинения цифровой системе. Альфа Омега оказывается перед выбором: приспособиться к установленным порядкам или попытаться изменить систему, чтобы сохранить нечто большее, чем просто цифровое существование. Решения, принимаемые героем и его близкими, влияют на возможности развития общества и способы взаимодействия с технологическим контролем.

Основной задачей, которая сохраняет свою актуальность в ходе всей истории, является поиск баланса между технологическим прогрессом и сохранением человеческого начала в мире, где все управляется цифрой. Конфликт развивается вокруг того, как сохранить индивидуальность и веру в условиях цифрового тоталитаризма и массового воскрешения, где свобода и смысл жизни ставятся под сомнение. Тема выбора между подчинением цифровому контролю и стремлением к сохранению духовного начала остаётся центральной для всех персонажей и всей обстановки.

Таким образом, в книге В начале было Слово – в конце будет Цифра автор Маргарита Симоньян описывает мир после крупных глобальных изменений, где повествование строится вокруг попыток одного учёного и его окружения найти выход из кризиса, вызванного комбинацией технологий, веры и контроля Искусственного Интеллекта. Главный конфликт связан с сохранением человеческих ценностей в условиях новой цифровой эпохи.