Развитие сюжета связано с выполнением регламентированных заданий и освоением новых способностей, которые имеют прикладное значение в задачах шпионажа, взлома, боевой подготовки и прочих действиях, необходимых для служения своему Дому и Системе в целом. Эти события сопровождаются внутренним и внешним давлением: герой и его товарищи сталкиваются с опасностями, возможностью быть «выключенными» и необходимостью выбирать между безопасной жизнью и сложной, но насыщенной ролью самоцвета. Проблема заключается в том, что Система требует постоянного развития и готовности к рискам, что влияет на личную жизнь и планы героя.

Наиболее остро стоит вопрос, связанный с моральным выбором и личной ответственностью перед Системой и Домом. Герою приходится решать, насколько он готов не только принимать новые способности и обязанности, но и вести опасную жизнь, в которой на кону может стоять не только успех, но и безопасность. Сложные взаимоотношения с другими самоцветами, а также наличие скрытых знаний и ограничений усложняют процесс адаптации и принятия решений.

В итоге ситуация приводит к необходимости определить, что для героя важнее — обычная жизнь или путь самоцвета со всеми вытекающими из этого последствиями. В центре сюжета остаётся тема выбора между стабильностью и возможностями, между безопасностью и ответственностью, которые накладывает участие в Системе. Эта дилемма задаёт основу для дальнейшего развития событий и формирования дальнейшей истории. Описание строится на выявлении конфликтов между личными интересами и требованиями Системы, что остаётся главным в развитии сюжета книги Система-Самоцветы: Тени за спиной автора Александр Герда.