Развитие сюжета начинается с экспедиции к развалинам древнего города, где герой и его сопровождение собирают необходимые компоненты для своей работы. Этот поход осложняется внешними опасностями, такими как следы незнакомых людей и потенциальные засады, что заставляет главных действующих лиц действовать осторожно и принимать сложные решения. Кроме того, появляется информация о древних механизмах и проектах, связанных с контролем над магическими способностями, что расширяет представление о мире и вызывает дополнительные вопросы.

Ситуация осложняется внутренними распрями и магическими противостояниями, когда вопреки запретам и страхам герои пытаются продвигать научно-технический прогресс. Наследие прошлого — как в виде древних манускриптов, так и технологий — вызывает разногласия, так как некоторые считают, что человечество само виновато в нынешем упадке, и следует мириться с новым порядком. Кулибин сталкивается с необходимостью преодолевать не только внешние препятствия, но и социальное давление, а также магические барьеры, применяемые против него.

Принятие решений требует от героя баланса между сохранением ценного знания и безопасностью команды, а также необходимостью выхода за рамки привычного мышления. Его действия ведут к обострению конфликта между прогрессом и консерватизмом, что отражается в противостоянии с Графом и его сторонниками. Происходящие события показывают сложность возрождения знаний в мире, стремящемся забыть о своём прошлом.

Основная проблема, вокруг которой развивается сюжет, — это вопрос о том, возможно ли в условиях сильного социального и магического давления вновь вернуть утерянное техническое и научное наследие. Взаимоотношения между персонажами сконцентрированы на этом конфликте, отражая дилемму между страхом перед изменениями и стремлением к развитию. История заканчивается с сохранением этой напряжённой ситуации, подчёркивающей выбор между прогрессом и текущим порядком.

Название Первый инженер императора – II принадлежит произведению автора Александра Вольта, посвящённому описанию сложной борьбы за восстановление технологий в постапокалиптическом мире.