Проблемы усложняются внутренними ограничениями и опасениями. Леннар понимает, что его возможности и знания неполны, и сам остаётся загадкой для окружающих, пытаясь разобраться в происхождении мира и масштабах происходящего. В ситуации отсутствия эффективного антидота для заражённого амиацином населения и исчерпании времени на разработку противоядия приходится принимать жёсткие меры, добиваясь согласия на применение любого оружия против Зембера. Сложность также выражается в политическом и религиозном давлении, с которым сталкиваются ключевые персонажи, а также в необходимости скрываться и действовать осторожно даже внутри собственной столицы.

Решения, к которым приходят герои, связаны с необходимостью жёсткой мобилизации и применением запрещённых или рискованных технических средств, а также с использованием гвардейцев, подвергшихся геномодификации и подготовленных по эксклюзивным методикам. Эти меры продиктованы жестокими обстоятельствами и желанием сохранить функциональность и стабильность Арламдора под угрозой внешних и внутренних врагов. Одновременно усиливается внимание к личным проблемам, таким как заражение ядом и связанное с этим психологическое состояние, что влияет на ход событий и взаимоотношения между персонажами.

Конфликт сосредоточен на попытках удержать контроль над ситуацией и сохранить жизнь внутри большого звездолёта, который стал одновременно и домом, и сложной системой с несколькими уровнями и государствами. Главная дилемма касается правильного выбора между жёсткими методами борьбы с угрозой и сохранением жизненно важных систем, а также поиском понимания своей роли и возможностей в изменившихся условиях мира, измеряемого масштабами и глубинами, которые пока остаются непостижимыми гораздо большей части обитателей Арламдора. В центре повествования — борьба за жизнь и управляемость в условиях неизбежных перемен и опасностей, с которыми предстоит столкнуться героям. Книга Бездн, созданная Романом Валерьевичем Злотниковым и Антоном Красновым, разворачивает перед читателем комплексную ситуацию, где действие тесно связано с технологическими и биологическими проблемами будущего.