Сложности нарастают из-за того, что функции — это не отдельные личности, а части единой Структуры, управляемой Лидером, к которому сам герой имеет отношение через состояние носителя. Варианты выхода из положения обсуждаются внутри группы — появляется идея децентрализации управления, что означает предоставление узлам самостоятельности и снижение влияния центра. В то же время напряжение возрастает из-за повреждений и внутренних конфликтов между участниками событий, а также из-за того, что некоторые функции ведут себя непредсказуемо, проявляя признаки развития личности, чего раньше не наблюдалось. Это перемешивает привычные роли и создаёт новые дилеммы для героя и его команды.

В ситуации, где ресурсы, время и информация ограничены, герой сталкивается с необходимостью балансировать между сохранением собственной жизни, выполнением задач и пониманием мотивов захватчиков, а также осмыслением своей роли в происходящем. Главная тема, затрагиваемая в ходе событий, — выбор между сохранением системы и её возможной деградацией, а также дилемма развития за счёт уничтожения других форм жизни или поиска альтернативных путей. В центре внимания остаётся вопрос происхождения конфликта и его последствий, который пока остаётся нерешённым, заставляя действующих лиц принимать непростые решения в условиях постоянного давления и изменяющейся реальности. Такое повествование формируют основу сюжета книги Виталия Останина Функция-3.