Обстановка осложняется состоянием одного из союзников, Петровича, который после травмы не приходит в сознание, а попытки его оживить вызывают напряжённые споры из-за риска для жизни целителя и группы. В такой ситуации оказывается необходимым повысить уровень навыков целителя, что возможно через терминал, и только после этого можно будет предпринять попытки возрождения Петровича. Система жёстко регламентирует изменения: перед началом работы с терминалом необходимо получить уникальное системное имя, а за выполнение заданий начисляется опыт, дающий дополнительные возможности и навыки. Постепенный рост уровня персонажей становится важным элементом продвижения вперёд.

На пути к развитию и освоению терминала стоит несколько внешних сложностей: ограниченное количество боевых сил, препятствия в виде охраны и магического кокона, потребность в дедукции и осторожности при приближении к терминалу в условиях атаки мутантов. Для героев становится критически важным умение эффективно распределять роли в группе: кто прикрывает, кто лечит и кто исследует систему. Кроме того, связанное с терминалом взаимодействие сопровождается физическими и психологическими эффектами, которые требуют привыкания и понимания.

По мере освоения терминала увеличивается количество знаний о системе, что открывает перспективы для улучшения экипировки и навыков. Несмотря на это, остается неопределённость по поводу целей и происхождения системы, что добавляет напряжения: информация от других групп, например, от черных друидов и других, ограничена и не всегда понятна. Главный герой пытается сохранить баланс между научением и осторожностью, поддерживая команду как в бою, так и в вопросах выживания и изучения новых возможностей.

Развитие событий выстраивается вокруг того, как Фантом и его товарищи пытаются удовлетворить растущие потребности своей группы в условиях непрерывных угроз, неполной информации и ограниченных ресурсов. Общим вызовом остается необходимость объединять усилия, повышать навыки и разгадывать новые аспекты системы, что определяет дальнейшее положение героев. Основная тема сосредоточена на взаимодействии с системой как инструментом контроля и адаптации в новом мире, а также на дилеммах, связанных с сохранением жизни и расширением возможностей в условиях неопределенности. Таким образом, развитие конфликта в книге отражает путь от нестабильности и ограничения к постепенному освоению ресурсов и навыков, которые могут обеспечить выживание и изменения в сложившейся ситуации.

Таковы основные линии сюжета и развития сюжета в книге Фантом. Инженер системы 3, написанной авторами Игорь Ан, Артем Сластин.