Обострение конфликта происходит на фоне развертывающихся боевых действий возле Камышовой бухты, где сосредоточена вражеская эскадра. Административные и военные трудности, а также необходимость применения юридических обходных путей для поставки и испытаний нового вооружения в Севастополе, вынуждают Юрия Александровича принимать непростые решения. Его действия оказывают влияние не только на ход битв вокруг города, но и на внутренние отношения в среде командного состава, где не все воспринимают его инициативы и методы.

Сложность ситуации заметно возрастает из-за воздействия политических фигур, таких как князь Меншиков, и ограниченного количества союзных войск, что требует от героя не только военных, но и дипломатических усилий. Его стратегия направлена на уничтожение корабельной артиллерии врага и блокирование выхода из Камышовой бухты, что может серьёзно ослабить вражескую эскадру. Для выполнения этих задач он рассчитывает на поддержку командования Черноморского флота и ополчения, а также на инициативу экипажа своего судна.

Действия Юрия Александровича в основном связаны с поиском путей сохранения инициативы и сохранения преимущества в условиях угрозы разглашения секретной информации, взаимодействия с союзниками и преодоления недоверия внутри собственного лагеря. Он старается балансировать между необходимостью вести боевые действия и заботой о статусе в обществе, зная, что без признания в верхах невозможно влиять на стратегические решения.

Развитие конфликта приводит к изменению расстановки сил в регионе, появлению новых возможностей для защиты Севастополя и потенциалу изменить ход войны на Черном море. Центральной темой остаётся дилемма сохранения технологического и тактического преимущества в условиях политических и военных ограничений, а также выбор между открытым противостоянием и скрытностью во имя долгосрочной победы. Книга отражает взаимодействие военной стратегии и личных амбиций в условиях напряжённого военного конфликта.

Так развивается сюжет Черноморский призрак Сергея Васильевича Лысак, сосредоточенный на военных действиях и сложном положении командующего в условиях ограниченных ресурсов и необходимости сохранять секреты для достижения стратегических целей.