Нарушение привычного порядка происходит с момента загадочного инцидента, связанного с Синицыным, чьё состояние представляет собой нечто среднее между жизнью и смертью. Это событие запускает цепочку расследований и размышлений о природе реальности, времени и существа человека. Окружающие, включая Михаила и других персонажей, сталкиваются с препятствиями — неполнотой знаний, противоречивостью фактов, а также с необходимостью выбирать между рациональными объяснениями и более сложными, философско-научными гипотезами. Среди трудностей появляется вопрос о том, как и когда вернуть Синицына к полноценной жизни и насколько это вообще возможно.

Выводы и решения, к которым приходят герои, связаны с признанием ограничений понимания и контроля над происходящим. Михаил и его окружение вынуждены принимать меры, которые включают не только технические или организационные действия, но и личные выборы, сопряжённые с моральными и этическими аспектами. Всё это сопровождается необходимостью разбираться в собственных мотивациях и отношениях с окружающими, особенно с Жанной — женщиной, важной для главного героя на протяжении времени.

В результате развития ситуации центральной остаётся дилемма, связанная с природой времени, судьбы и человеческой ответственности. История ставит вопрос о том, что происходит между смертью и жизнью, как прошлое, настоящее и будущее пересекаются и влияют друг на друга, а также какую роль играет сознание и память в формировании и сохранении идентичности. В этом поле напряжённых событий и размышлений развивается конфликт, который не решается однозначно, но требует от героев постоянного поиска и принятия сложных решений на пересечении науки, долга и личного. Описанные события составляют суть книги Три кварка (1982-2012) Владимира Тимофеева.